João Pedro is afkomstig uit de jeugdacademie van Palmeiras. Op 18 september 2014 maakte hij zijn opwachting in de Braziliaanse Série A in de thuiswedstrijd tegen Flamengo. Hij speelde de volledige wedstrijd, die eindigde op een 2–2 gelijkspel.[3] Op 12 oktober 2014 maakte de rechtsachter zijn eerste competitietreffer tegen Grêmio. Die treffer werd tevens het winnende doelpunt voor de thuisploeg.[4]
In 2015 speelde Marcos Guilherme met Brazilië –20 op het Zuid-Amerikaans kampioenschap voor spelers onder 20 jaar in Uruguay, waarin hij vier wedstrijden meespeelde.